Miyelodisplastik Sendrom tedavi seçimi semptomplara, hastalığın evresine, hastalık risk kategorisine, yaş ve mevcut medikal duruma bağlıdır. MDS' de farklı tedavi seçenekleri vardır. Her tedavi her hasta için uygun değildir.
Düşük riskli MDS hastalarında yaşam süresi uzun olabilir. Yüksek riskli hastalarda tedaviye olabildiğince hızlı başlanması oldukça önemlidir. Her hastalıkta olduğu gibi MDS tedavisinin de amacı tam iyileşmek olmakla beraber çoğunlukla mümkün olmamaktadır. Tam iyileşme için tek yöntem kemik iliği naklidir. Uygun vericiden kemik iliği transplantasyonu yapılması günümüzde ulaşılabilir yegane küratif (şifa sağlayıcı) tedavi yöntemidir. Kemik iliği nakli genellikle 65 yaş altı ve genel sağlık durumu uygun hastalarda yapılmaktadır. Bununla birlikte tanı yaşı 65’in üzerinde olan uygun hastalarda da bir seçenek olarak düşünülür. Kemik iliği nakli birçok hastada ileri yaş, eşlik eden diğer hastalıklar nedeniyle uygulanamaz.
Kemik iliğinde anormal displastik hücreleri baskılayan veya yok eden ve/veya sağlıklı hücrelerin matürasyonunu uyaran ilaç tedavileri halen araştırılmaktadır.